Оказывается, hierarhical_select не поддерживает словари со множествен6ной иерархией. By design. Вместо выбранного термина сохраняет одного из его родителей.
Но почему-то сама таксономия с ними справляется. Просто выбирает первого попавшегося родителя. Что мешает HS делать так же мы и пытаемся выяснить в http://drupal.org/node/729174 Знающие английский приглашаются к дискуссии. там же наглядные иллюстрации.